Aparición de nuevas variantes de SARS-CoV-2 y co-mutaciones en India

Un nuevo estudio ha revelado cambios genéticos en un grupo similar de coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV-2) en la India.

Los investigadores escriben:

“Creemos que nuestro informe es uno de los pocos estudios que tiene como objetivo proporcionar una imagen completa de la dinámica evolutiva y los patrones co-mutagénicos de las cepas de SARS-CoV-2 prevalentes entre la población india durante todo el año 2020”.

El estudio “La vigilancia genómica y los análisis filodinámicos revelan la aparición de nuevas mutaciones y patrones co-mutagénicos dentro de las variantes del SARS-CoV2 prevalentes en la India” está disponible como publicación preliminar en bioRxiv* El servidor, mientras que el artículo está sujeto a revisión por pares.

Cómo lo hicieron

Los investigadores llevaron a cabo una vigilancia genómica de 54 muestras positivas para el SARS-CoV-2 de Calcuta, la capital del estado de Bengala Occidental en India. Las edades de los pacientes oscilaron entre los 6 y los 88 años y la proporción general entre hombres y mujeres fue de 1,7.

Las muestras se recolectaron desde agosto de 2020 hasta octubre de 2020 (Término 3) e incluyen todas menos una de las secuencias del genoma del SARS-CoV-2 en Bengala Occidental.

El equipo señala que las secuencias del gen Term3 difieren de las de la India porque exhiben una mayor cantidad de clado ‘O’ y clado 20A.

Las secuencias de Term3 también diferían de las secuencias del gen SARS-CoV-2 recolectadas desde abril de 2020 hasta julio de 2020 (duración 2). En Term2, Bengala Occidental tenía un 82% más de “G” y un 83% más de distribución de clados 20A que otros estados de la India. Indica que los grupos virales en Bengala Occidental se están desarrollando lentamente.

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Usando la base de datos GSAID, analizaron sus muestras para la secuenciación genética en otros continentes. Con la excepción de América del Norte y Europa, todos los demás continentes tuvieron una prevalencia de rama de GR a mediados y finales de 2020. Si bien América del Norte no mostró proliferación de GR, sí mostró una frecuencia de clados de GH más alta. Europa mostró más aumentos en el grupo GV de SARS-CoV-2 en Europa a finales de año.

Mutaciones frecuentes, mutaciones comunes y correlación con la gravedad de la enfermedad en India. Las 5 mutaciones más comunes y 3 patrones de mutaciones comunes en la India. Las 5 mutaciones más frecuentes y las 3 más comunes en los principales grupos de la India. Las mutaciones de definición de clado se excluyen en el diagrama de barras. C- 5 mutaciones frecuentes y 3 comunes en diferentes tipos de pacientes. Se utilizan diferentes códigos de color para formas específicas de una red de mutación común. Las formas de cuadrícula se han ordenado y ordenado exclusivamente.

Aparecen mutaciones durante una pandemia

A continuación, los investigadores rastrearon los cambios evolutivos del SARS-CoV-2 en otras regiones de la India. El seguimiento genético de muestras virales en pacientes indios mostró que GR y 20B eran más frecuentes en India.

Al observar la variación de mutaciones comunes en los estados indios y territorios federales, los investigadores observaron la aparición de mutaciones de definición no ramificadas durante Term2 y Term3. Estos resultados fueron comparables al inicio de la pandemia (Término 1). Se informaron repetidamente combinaciones únicas de estas mutaciones a fines de 2020.

Específicamente, en el segundo capítulo, los estados de la India como Telangana, Maharashtra y Karnataka mostraron cinco o más mutaciones comunes. Mientras tanto, Bengala Occidental y Gujarat tenían cepas de SARS-CoV-2 con menos de cinco mutaciones comunes.

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Para el término 3, había más secuencias de Telangana y Maharashtra con mayores residuos mutantes que las de Bengala Occidental. La aparición de distintas mutaciones puede estar asociada con un aumento significativo de casos de MERS-CoV en Maharashtra y Karnataka en comparación con Bengala Occidental y Gujarat durante el “segundo ciclo” y el “tercer período”.

“Por lo tanto, un mayor número de mutaciones involucradas en estas dos condiciones podría estar asociado con una mayor tasa de infección para las cepas que circulan allí”.

Las mutaciones están asociadas con la gravedad de la enfermedad.

El equipo utilizó los datos de vigilancia genética para evaluar cómo las mutaciones afectan la gravedad de la enfermedad COVID-19. Pueden usar 806 de las 3277 secuencias porque incluye el estado de COVID-19 del paciente y, si ha fallecido, sus síntomas son leves y asintomáticos.

Todas las secuencias mostraron mutaciones D614G y NSP12. Sin embargo, las personas que habían tenido una infección asintomática por COVID-19 o que habían muerto de COVID-19 tenían más probabilidades de mostrar las mutaciones NS9b (P10S), N (P13L), NSP12 (A97V) y NSP3 (T1198K) que los pacientes asintomáticos. .

También hubo una tríada de mutación común de [NSP6(L37F)-NSP12(P323L)-Spike(D614G)] En pacientes fallecidos o con infección por COVID-19 leve o asintomática.

De 5 mutaciones en pacientes fallecidos y asintomáticos, 3 se observaron en la infección leve, y la mutación NSP6 (L37F) solo se observó en pacientes asintomáticos.

Se demostró una red de co-mutación en el 51% de los pacientes con enfermedad asintomática y en el 20,41% de las infecciones leves. Sin embargo, no se observó una red de mutación común en los casos sintomáticos y fatales. Se han observado nuevas redes de mutaciones comunes a lo largo del tiempo en diferentes grupos y estados de la India.

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Los investigadores sugieren que mutaciones específicas y combinaciones únicas de mutaciones del SARS-CoV-2 se correlacionan con la gravedad de la enfermedad según los resultados.

*Nota IMPORTANTE

bioRxiv Publica informes científicos preliminares que no han sido revisados ​​por pares y, por lo tanto, no deben considerarse concluyentes, que dirigen la práctica clínica / comportamiento relacionado con la salud, ni deben tratarse como información estática.

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