Es poco probable que las pruebas de diagnóstico que utilizan la sonda del cebador 2019-nCoV-N1 se vean afectadas por la variante Omicron

En un estudio publicado en medRxiv* Servidor de preimpresión Un equipo de investigadores evaluó el rendimiento de dos pruebas de diagnóstico diferentes para el coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV-2), que utilizaron una sonda cebadora 2019-nCoV_N1 de los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades (CDC) de EE. UU. establecer. Los investigadores tienen como objetivo descubrir el material genómico del SARS-CoV-2 y sus variantes, como la variante recientemente surgida (VOC) Omicron.

Stady: La mutación de la variante Omicron en la posición 28311 en el gen SARS-CoV-2 N no altera el descubrimiento de la diana CDC N1.. Haber de imagen: Fit Ztudio / Shutterstock

La mayoría de las pruebas de diagnóstico para la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19) que se utilizan en la actualidad utilizan ensayos de reacción de polimerasa cuantitativa (qPCR) para detectar el genoma del SARS-CoV-2 en muestras de pacientes. En febrero de 2020, los CDC lanzaron una prueba de laboratorio basada en qPCR llamada CDC 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV) que se dirige a dos sitios en el gen del SARS-CoV-2 Nucleocapsid (N): 2019-nCoV_N1 y 2019-nCoV_N2. Después de otorgar una autorización de uso de emergencia (EUA), las investigaciones de los CDC se incorporaron a varios ensayos de diagnóstico del SARS-CoV-2. En particular, la sonda 2019-nCoV_N1 se superpone con la mutación Omicron dentro de la secuencia dirigida por la sonda fluorescente.

Omicron contiene alrededor de 50 mutaciones en su genoma de ARN que podrían afectar negativamente la capacidad de los ensayos de diagnóstico para detectar el SARS-CoV-2 en muestras de pacientes con COVID-19, dando lugar a resultados no concluyentes o falsos negativos. Lleva una mutación de C a U en el locus del gen 28,311, correspondiente al tercer nucleótido del extremo 5 ‘de la secuencia diana de la sonda 2019-nCoV_N1.

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En este estudio, los investigadores evaluaron cómo 28,311 mutaciones afectaron la detección del gen N1 para evitar posibles resultados falsos negativos de muestras que usaban la variante Omicron. usar en el laboratorio Transcripción (IVT) N del gen de ARN que representa el tipo salvaje y los COV de SARS-CoV-2 Omicron. Además, confirmaron el tamaño y la pureza de estas muestras de ARN mediante gel de agarosa. Estas secuencias de ARN luego se amplificaron usando dos protocolos de amplificación diferentes, y la eficacia de amplificación de las dianas N1 y N2 se determinó usando el kit de ensayo múltiple de qPCR NEB SARS-CoV-2 que detectó simultáneamente N1 (HEX), N2 (FAM) y RNasa. Objetivos P. (RP) Humanos.

Consecuencias

Los autores señalan que la amplificación no se vio alterada por la mutación de Omicron en la posición 28311. El conjunto de sonda-cebador N2 sirve como control para corregir las diferencias en la inserción de la plantilla de ARN porque la variante de Omicron no contiene una mutación dentro de la región objetivo de la Sonda N2.

Los valores de Cq son inversamente proporcionales a la cantidad de ADN diana en la muestra. Los investigadores observaron que el ARN mutante cruzó el umbral un ciclo más rápido que el ARN de tipo salvaje debido a una cantidad ligeramente mayor de inserción. Después de corregir la cantidad de entrada de ARN basada en el N2 objetivo, la diferencia en los valores medios de Cq para la amplificación del N1 objetivo entre el ARN mutante y el de tipo salvaje fue inferior a 0,2, en un día a día y de una variación de usuario a usuario que indica paridad en amplificación de velocidad. La mutación del gen N no redujo la sensibilidad del ensayo, como lo indican los resultados que revelan 10 copias de ARN por interacción para ARN de tipo salvaje y mutado en 27 de 27 muestras.

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A continuación, los investigadores utilizaron SalivaDirect, una plataforma de diagnóstico no invasiva simplificada para el SARS-CoV-2 que también utiliza el objetivo CDC 2019-nCoV_N1 y RP humano. Los resultados del ensayo mostraron una amplificación eficiente de ARN mutante y de tipo salvaje, y el ARN mutante se detectó ligeramente más rápido con un valor de Cq promedio de 0,71 debido a una mayor cantidad de entrada de ARN mutante. Además, el ensayo fue muy sensible para el gen N mutado y se detectaron 10 copias de ARN en 27 de 27 muestras.

Conclusiones

Los datos del estudio indican que las pruebas de diagnóstico que utilizan el conjunto de sondas de cebador 2019-nCoV-N1 detectaron de manera tan eficiente la secuencia mutante N1 como la secuencia de tipo salvaje. Dado que la variante Omicron contiene una mutación de C a U correspondiente a la tercera posición de nucleótido dentro de la secuencia diana de la sonda CDC 2019-nCoV_N1, la mutación afecta la sensibilidad del ensayo.

El estudio actual utilizó la herramienta Primer Monitor para evaluar varias mutaciones en las variantes del SARS-CoV-2, superponiéndose al panel 2019-nCoV. Algunas de estas mutaciones redujeron la sensibilidad del ensayo, mientras que otras, como las mutaciones observadas en la variante delta, no afectaron la sensibilidad del ensayo del gen N. Además, identificaron una nueva variante que prevalece en Gauteng, Sur África, con una mutación genética en la posición 28320., que también interfiere con la sonda CDC 2019-nCoV_N1. Actualmente, esta mutación no coincide con ninguna secuencia de Omicron publicada, y se justifican pruebas adicionales para determinar el efecto de esta mutación en la detección de la sonda. En consecuencia, los CDC han diseñado una prueba alternativa de influenza SC2 que puede detectar simultáneamente el gen N del SARS-CoV-2, influenza A e influenza B.

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Para resumir, el estudio recomienda un monitoreo continuo para la aparición de nuevas mutaciones variantes del SARS-CoV-2 y probar el desempeño de las investigaciones para garantizar que las pruebas de diagnóstico para COVID-19 continúen arrojando resultados precisos en el futuro.

*Nota IMPORTANTE

medRxiv publica informes científicos preliminares que no han sido revisados ​​por pares y, por lo tanto, no deben considerarse concluyentes, guiar la práctica clínica / comportamiento relacionado con la salud o tratarse como información establecida.

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