India está buscando nuevas cepas mientras se avecina una ola de Covid

Se han analizado cientos de miles de genomas virales en todo el mundo.

Como todos los virus, el coronavirus que causa la epidemia mortal cambia constantemente en pequeñas formas a medida que se propaga de persona a persona.

La gran mayoría de estas mutaciones son intrascendentes y no alteran la forma en que se comporta el virus.

Pero algunas mutaciones provocan cambios en la proteína espinosa que el virus usa para adherirse a las células humanas y entrar en ellas; estas variantes pueden ser más infecciosas, causar enfermedades más graves o evadir las vacunas. Me gusta Ya se han identificado variantes en Reino Unido, Sudáfrica y BrasilY ahora se ha extendido a decenas de países.

La semana pasada, un alto funcionario de salud de EE. UU. Advirtió que la propagación de variantes altamente contagiosas amenazaba con alimentar a A. “El cuarto posible aumento en el número de casos” en el país. La alternativa brasileña Parece más contagioso Los científicos dicen que puede evitar la inmunidad proporcionada por una infección previa. La variante británica es responsable de una gran parte de las nuevas infecciones en Estados Unidos y Europa.

Los investigadores del genoma de todo el mundo están buscando estas perturbadoras mutaciones. Los científicos pueden detectar cambios secuenciando el genoma del virus después de tomar un hisopo de un paciente infectado. Rompen el código genético del virus, básicamente abren el manual de instrucciones, y comienzan a rastrear mutaciones.

India fue el quinto país del mundo en secuenciar el genoma del nuevo coronavirus, aislado de sus primeros casos registrados en el estado sureño de Kerala en enero del año pasado. Desde entonces, el país ha registrado más de 11 millones de casos, justo detrás de Estados Unidos, y más de 150.000 muertes por la enfermedad.

Un hombre pasa en bicicleta frente a una pared cubierta de graffiti en medio de la propagación de la enfermedad del coronavirus (COVID-19) en una calle de Navi Mumbai, India, el 21 de enero de 2021.

Pocos estados han informado de un aumento de las infecciones a pesar de que el número de casos ha disminuido drásticamente en la India.

Pero solo ahora India está comenzando a reforzar lo que alguna vez fue un sistema de vigilancia limitado para rastrear historias genéticas de muestras locales del virus SARS-Covid-2, que causa el Covid-19.

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El tiempo es crucial: Un grupo de países ha informado de un aumento en el número de infecciones Incluso cuando el número de casos disminuyó drásticamente en el país. Por supuesto, existía la preocupación de que nuevas variantes del virus estuvieran causando el aumento.

India dice que ha encontrado 242 casos de las tres variantes extranjeras – Predominantemente en el Reino Unido – en población todavía. Los científicos dicen que es poco probable que estén relacionados con el reciente aumento de las infecciones, que se atribuye en gran medida a que las personas bajaron la guardia después de la fuerte caída de los casos.

Pero la genómica también está “investigando” dos variantes que se han encontrado en muestras en estados como Maharashtra y Telangana, que han experimentado un aumento vertiginoso de las tasas de infección. “Estamos recolectando más muestras de campo para investigar si las dos variables tienen alguna conexión con el aumento. No podemos estar satisfechos”, dijo el Dr. Sujit Kumar Singh, director del Centro Nacional para el Control de Enfermedades en India.

En enero, un grupo de científicos genómicos expresó su preocupación por A. papel Que India “aún no ha realizado la secuenciación” a plena capacidad, depositando solo unos 6.400 genomas de más de 10,4 millones de casos registrados (0,06%) ”. Ahora, un consorcio recién formado de 10 laboratorios genómicos ha recibido la tarea de duplicar la secuencia y reportar el resultados sobre el terreno.

Un empleado médico beneficiario cruza la calle después de recibir una inyección de vacuna COVID-19, fabricada por el Serum Institute of India, en el Centro de Vacunación del Hospital Amri en Kolkata, India, el 3 de febrero de 2021.

La vida ha vuelto a la normalidad en la mayoría de las ciudades de la India

“Necesitamos monitorear constantemente y asegurarnos de que ninguna de las variables preocupantes se esté extendiendo entre la población. El hecho de que esto no suceda ahora no significa que no sucederá en el futuro. Tenemos que asegurarnos de que tengamos acceso “, dijo el Dr. Shahid Jamil, un destacado virólogo, que la evidencia es lo suficientemente temprana.

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Por eso la secuenciación del genoma es tan importante. Para empezar, India ha presupuestado $ 14 millones (£ 10 millones) para impulsar los esfuerzos de secuenciación. El objetivo es secuenciar el 5% de todas las muestras que dieron positivo a través de las pruebas estándar de oro de la PCR (reacción en cadena de la polimerasa), que aíslan el material genético de la muestra del hisopo, y tienen una carga viral alta. “Es un objetivo viable”, dice el Dr. Anurag Agarwal, director del Instituto de Genómica y Biología Integrativa (IGIB), un laboratorio genético pionero.

En los últimos 10 meses, India lo ha Secuenciación de más de 6.000 muestras del Coronavirus De 22 estados para obtener más información sobre cómo está cambiando el virus en la población. (la gran mayoría Contiene un tipo de virus Eso puede haber sido traído por viajeros de Europa). Se han registrado más de 7.600 mutaciones, “la mayoría de las cuales no tienen ningún resultado”, según el Dr. Rakesh Mishra, director del Centro de Biología Celular y Molecular (CCMB) con sede en Hyderabad. .

Se han encontrado más mutaciones de virus en Bangalore De cualquier otra ciudad, según investigadores del Instituto Indio de Ciencia. Los investigadores dicen que esto indica que el virus ahora está mutando más rápido que antes: tres cepas identificadas en Bangalore tienen 27 mutaciones en sus genomas con más de 11 mutaciones por muestra, más que el promedio nacional (8.4) y el promedio global (7.3). ).

No es fácil llevar a cabo una secuenciación a gran escala en un país tan vasto y diverso como la India.

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Los laboratorios deben recoger muestras localmente. Existen diferentes plataformas con diferentes niveles de automatización del trabajo. Los reactivos son caros y deben importarse. Los congeladores almacenan muestras y las máquinas mapean los genomas. Una secuencia de muestra puede costar hasta $ 75. Las muestras deben ser recolectadas por personal capacitado, almacenadas en contenedores especiales y enviadas a laboratorios en todo el país. Estados como Kerala lo hacen mejor que otros: envían 25 muestras de cada región cada semana al Laboratorio de secuenciación del genoma en Delhi.

Laboratorio de secuenciación del genoma, India

Un consorcio de 10 laboratorios en India está organizando muestras para el Coronavirus

Por lo general, la secuenciación de una muestra demora hasta 48 horas. Pero si tiene que pedir muestras a viajeros internacionales que están en cuarentena, debe hacerlo más rápido. El Dr. Mishra dice que su laboratorio ha ideado una forma de identificar una variante específica en 24 horas sin completar la secuencia completa.

El profesor Ravindra Kumar Gupta, un virólogo de Cambridge, dice: “La secuencia es muy deseable para comprender lo que está sucediendo” con el Coronavirus. Sin embargo, cuestiona si economías como la India que gastan poco en atención médica deberían desviar recursos para aumentar la secuenciación. “Creo que la secuencia es importante. Pero lo más importante es vacunar a más personas”, me dijo. “La secuencia por sí sola no salva muchas vidas ni cambia la política”.

Pero con la entrada de India, en palabras del ministro de Salud, Harsh Vardan, el “El fin del juego de la epidemia”, Se ha intensificado la búsqueda de variantes. “India está bien. Los casos y las muertes son escasos, los hospitales no están abarrotados y la vacunación es cada vez más rápida”, dice el Dr. Mishra.

“Lo único que podría alterar esto es una nueva especie peligrosa, que podría ser local”.

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