La genómica en tiempo real para rastrear el SARS-CoV-2 ayuda a contener la transmisión en Nueva Zelanda

Durante la mayor parte de la pandemia actual, Nueva Zelanda ha mitigado con éxito los efectos de la enfermedad por coronavirus (COVID-19), una enfermedad causada por el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Entre el 3 de enero de 2020 y el 16 de agosto de 2021, Nueva Zelanda ha reportado un total de 2.926 casos de COVID-19 y 26 muertes.

Entre mayo de 2020 y el 30 de abril de 2021, Nueva Zelanda mantuvo la eliminación del virus SARS-CoV-2. Durante este tiempo, se notificaron 13 brotes comunitarios en Nueva Zelanda, que consistieron en un total de 225 casos registrados en la comunidad.

Stady: Genómica en tiempo real para rastrear el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 invasiones fronterizas después de la eliminación del virus, Nueva Zelanda. Haber de imagen: kovop58 / Shutterstock.com

Un estudio reciente publicado por los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades (CDC) de EE. UU., Enfermedades Infecciosas Emergentes, analiza cómo Nueva Zelanda usó rápidamente genomas en tiempo real para contener nuevos casos de COVID-19. Estos esfuerzos fueron esenciales para ayudar a los científicos a establecer conexiones entre casos y determinar cuándo los brotes simultáneos tenían diferentes orígenes.

Respuesta de salud pública a los brotes en la comunidad

Nueva Zelanda ha sido uno de los países más exitosos a la hora de abordar la crisis sanitaria mundial de COVID-19. Durante el brote, Nueva Zelanda utilizó una estrategia de erradicación que se basó en gran medida en fronteras estrictamente controladas.

Con este fin, todas las personas que ingresan al país deben aislarse durante 14 días en una instalación de gestión de aislamiento y cuarentena (MIQ). Cualquier individuo en las instalaciones del MIQ también se sometió a pruebas de reacción en cadena de la polimerasa con transcripción inversa (RT-PCR) para detectar la presencia de SARS-CoV-2 en los días 0, 3 y 12 de su estadía.

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La secuenciación genética en tiempo real ha sido un componente clave de la respuesta de Nueva Zelanda al COVID-19, ya que no solo llenó las lagunas de datos epidemiológicos, sino que también permitió identificar rápidamente brotes de diferentes orígenes.

sobre estudiar

La secuenciación del genoma viral de cada individuo infectado ha jugado un papel fundamental en el seguimiento e identificación de todos los brotes comunitarios en Nueva Zelanda. Complementa todas las demás acciones, incluidos los controles fronterizos, el rastreo de contactos y un sistema de niveles de alerta.

Los individuos en las instalaciones de MIQ están sujetos a secuenciación semanal, mientras que los pacientes de la comunidad se secuencian con mayor frecuencia. Los resultados del genoma completo están disponibles dentro de las 12 horas posteriores a la primera prueba positiva.

En el estudio actual, los investigadores construyeron una alineación de múltiples secuencias que contiene 225 genomas de un brote en la comunidad de Nueva Zelanda y 663 de otros países del mundo. Para cada brote en el país, el equipo tomó muestras de 50 secuencias globales de la misma cepa de pangolín. Estas secuencias se utilizaron luego para reconstruir el árbol filogenético de todas las incursiones fronterizas identificadas en Nueva Zelanda, incorporando los genomas virales internacionales en el árbol como referencia.

Resultados

En el estudio actual, los autores discuten los datos genómicos obtenidos de cada brote comunitario reportado en Nueva Zelanda desde el 1 de junio de 2020. En Auckland, por ejemplo, se reportaron un total de 4 casos de COVID-19 en una cámara frigorífica el 11 de agosto. 2020, que puso fin al período libre de COVID-19 de 102 días. Tras la identificación de estos casos, las restricciones se implementaron de inmediato en Auckland y la ciudad se colocó en una alerta de Nivel 3.

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El análisis genético de los aislamientos virales obtenidos de estos individuos mostró que todos los virus estaban estrechamente relacionados, lo que indica un solo origen. Esta observación permitió a los funcionarios de salud pública afirmar con confianza que este único brote estaba bajo control, a pesar de la falta de vínculos epidemiológicos entre estos individuos infectados.

También se han encontrado varias cepas diferentes de SARS-CoV-2 que se importaron a Nueva Zelanda durante el curso de la pandemia. En general, cuatro brotes de infección adquirida localmente en 2021 fueron causados ​​por variantes preocupantes (VoC) del SARS-CoV-2 B.1.1.7 (Alpha) y B.1.351 (Beta).

Por lo tanto, estas observaciones indican que las cepas de SARS-CoV-2 han alcanzado los límites. De hecho, un total de 83 de los 142 genomas identificados de los retornados al extranjero entre el 1 de enero de 2021 y el 30 de abril de 2021 eran de estas dos cepas.

conclusión

El estudio actual encontró que el monitoreo genético en tiempo real es vital para confirmar o refutar los vínculos entre los casos de COVID-19, especialmente cuando faltan datos epidemiológicos. Esto puede ayudar a los funcionarios de salud a identificar nuevos brotes y reducir la transmisión en la comunidad.

Referencia de la revista:

  • Douglas, J .; Geoggan, J .; Hadfield, J .; et al. (2021). Genómica en tiempo real para rastrear el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 invasiones fronterizas después de la eliminación del virus, Nueva Zelanda. Enfermedades infecciosas emergentes CDC. https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/27/9/21-1097_article

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